Le site Natura 2000 Gîtes à chauves-souris "Conteforts et Montagne Bourbonnaise" présente un relief très vallonné composé principalement de prairies bocagères et de grands boisements. Les milieux présents sur le territoire se répartissent comme tel :
- 55 % de boisements
- 30 % de milieux ouverts dont quelques hectares de cultures
- 14 % de milieux urbains
Les milieux boisés comprennent 40 % de forêts artificielles essentiellement constitués de peuplements résineux. Cependant les milieux boisés comprennent quelques formations d’intérêt communautaire comme les forêts de pentes, éboulis ou ravins, les hêtraies atlantiques ou les forêts alluviales. Ces habitats d’intérêt communautaire couvrent environ 10 ha, soit une très faible surface du site.

Les milieux ouverts comprennent, entre autre, les landes à callune, genêt poilu ou bruyère cendrée qui occupent les pourtours des affleurements rocheux. Certaines d’entre-elles ont fait l’objet de tentative de boisement, mais leur intérêt patrimonial demeure. Ces landes occupent une surface sur le site de 34 ha, dont 29 ha d’habitats d’intérêt communautaire.
Le site englobe également un ensemble de milieux agricoles dont une partie de prairie de fauche d’intérêt communautaire pour une surface d’environ 30 ha.

Les milieux urbains et anthropisés représentent environ 277 ha dont une partie accueille les différentes colonies de chauves-souris, faisant l’intérêt du site.
